• Không khử trùng hàng hóa. Năm 2009 có trường hợp một container 40 feet hàng gốm sứ xuất đi châu Âu nhưng không khử trùng các pallet gỗ do nhà xuất khẩu không nắm được thông tin này hay bỏ sót chi tiết khử trùng bao bì. Sau khi hàng đến thì Hải quan nước sở tại phát hiện và mức phạt rất cao với yêu cầu phải xuất trả về lại Việt Nam hoặc tiêu hủy tại chỗ.
• Quên khử trùng hàng hóa. Điều tưởng như không thể có này thường xảy ra khi thời hạn giao container cho hãng tàu (closing time) gần hết. Người làm thủ tục xuất nhập khẩu lúc này chỉ còn lo chú ý đến việc làm sao để container có thể được nhận và xếp kịp lên tàu mà quên việc khử trùng hàng hóa. Khoảng đầu năm 2010 một công ty xuất hàng thủ công mỹ nghệ đã kịp thời phát hiện sai sót này cho lô hàng của họ xuất đi châu Âu. May mắn là hàng hóa còn nằm ở cảng Singapore. Công ty Việt Nam phải nhờ chi nhánh của hãng tàu ở Singapore giúp xử lý khử trùng container này với chi phí phát   sinh  gần 600 đôla Mỹ cho container 20 feet.
• Khử trùng không đạt yêu cầu. Mặc dù nhà xuất khẩu đã nhờ dịch vụ khử trùng trước khi container được xếp lên tàu, nhưng có trường hợp kiểm dịch nước sở tại vẫn yêu cầu phải khử trùng lại lô hàng này do chất lượng khử trùng không đảm bảo. 
• Chứng thư khử trùng không được chấp nhận. Có trường hợp nước sở tại không chấp nhận chứng thư khử trùng của một số ít các nhà cung cấp dịch vụ khử trùng Việt Nam do chất lượng dịch vụ của các công ty này có vấn đề. Để tránh tình trạng này, các nhà xuất khẩu Việt Nam cần tham khảo ý kiến của các công ty giao nhận vận tải, các nhà môi giới vận tải hoặc kiểm tra thông tin cập nhật trên các Website có liên quan.
• Hầu hết các container có sử dụng vật liệu chèn lót bằng gỗ xuất đi bị trả về vì những lý do sau: Trong container phát hiện các loại hạt cỏ dại, vật lạ, đất, vv …Các vật liệu chèn lót bằng gỗ không đảm bảo ẩm độ dẫn đến việc phát sinh các loại nấm mốc. Vật liệu bao bì, chèn lót bằng gỗ không có dấu ISPM 15. Đã khử trùng và đóng dấu đúng theo tiêu chuẩn ISPM 15 nhưng vẫn phát hiện côn trùng sống. Có dấu ISPM 15 nhưng phát hiện thấy sinh vật thuộc ngành chân khớp (rết, giáp xác nhỏ, nhện ). Vật liệu bao bì, chèn lót bằng gỗ còn dính vỏ cây. 

Người chịu phạt sẽ là các nhà xuất  khẩu Việt Nam. Chính vì những lý do trên mà khi nhận được các đơn hàng xuất của các nhà xuất khẩu Việt Nam, đối với những mặt hàng có yêu cầu phải khử trùng của Hải quan nước đến, các công ty giao nhận, vận tải (freight forwarding) hay các nhà môi giới vận tải (transportation broker) đều nhắc nhở các nhà xuất khẩu phải chú ý công việc này. Tuy nhiên vẫn có những điều đáng tiếc xảy ra và đôi lúc hậu quả là không nhỏ.

Do vậy, khử trùng Container – Hàng hóa xuất khẩu còn là chìa khóa cho doanh nghiệp có cơ hội xuất khẩu ra nước ngoài, mang thương hiệu người Việt vươn tầm ra quốc tế, hơn nữa khi xuất khẩu hàng hóa sẽ có giá trị cao hơn khi được bán nội địa trong nước.